Пупов Данил Владимирович | Институт молекулярной генетики

Пупов Данил Владимирович

Ученая степень:
кандидат биологических наук

Ученое звание:
без ученого звания


Подразделение ИМГ:
Лаборатория молекулярной генетики микроорганизмов

Должность в ИМГ:
Старший научный сотрудник


Телефон:
+7-499-196-00-15

Адрес электронной почты:
danila@pupov.ru

Файл с резюме (CV):
Иконка PDF pupovdanil.pdf



Основные научные интересы, направления исследований и результаты

Основная область научных интересов - регуляция экспрессии генов, молекулярные механизмы транскрипции, структура и функции РНК-полимеразы.

Направления исследований:
1) Анализ механизмов инициации транскрипции РНК-полимеразой.
2) Исследование механизмов катализа в активном центре РНК-полимеразы.  
3) Получение высокоспецифичных аптамеров к РНК-полимеразам и транскрипционным факторам различных бактерий и их использование для изучения структуры и функций РНК-полимеразы.



Преподавательская деятельность, руководство диссертациями

Руководство курсовыми и дипломными работами студентов кафедры Молекулярной биологии Биологического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова:
2017 год – Огиенко Анастасия (бакалаврская дипломная работа)
2015 год – Егоршина Александра (бакалаврская дипломная работа)
2013 год – Петушков Иван (дипломная работа)
2012 год – Игнатов Артем (дипломная работа)
2012 год – Кузин Иван (дипломная работа)
2010 – 2011 года – Есюнина Дарья (дипломная и курсовая работы)
 
2012 – по настоящее время - разработка и чтение курса лекций «Молекулярная биология» (68 ауд. часов) для студентов 1 курса магистратуры Института нано-, био-, информационных, когнитивных и социогуманитарных наук и технологий (ИНБИКСТ) Московского физико-технического института.
 
2002 – по настоящее время - преподаватель (с 2013 года - руководитель) Биологического отделения Летней многопредметной школы Кировской области (курсы: молекулярная биология, основы биохимии, практикум по биохимии).
 
2007 – по настоящее время - член Методической комиссии Всероссийского Турнира юных биологов (с 2011 – председатель жюри). Член организационных комитетов региональных этапов Турнира юных биологов в Москве, Санкт-Петербурге, Новосибирске, Кирове, Казани, Екатеринбурге, Ростове-на-Дону, Обнинске, Пензе, Якутске, Омске, Волгограде, Воронеже, Тюмени, Челябинске, Уфе, Нижнем Новгороде.
 
2012 – по настоящее время - научный руководитель и преподаватель Межрегиональных Учебно-тренировочных сборов «Современная биология» по подготовке к заключительному этапу Всероссийской олимпиады школьников по биологии (г. Киров).
 



Премии, заслуги, членство в научных обществах

  1. Стипендия Первого Президента Республики Саха (Якутия) М.Е. Николаева «Знанием победишь!» за 2018 год
  2. Медаль Российской академии наук с премией для молодых ученых за 2016 год
  3. Лауреат премии Конкурса молодых ученых в рамках научной конференции по биоорганической химии и биотехнологии «Х чтения памяти академика Ю.А. Овчинникова»
  4. Диплом за лучший устный доклад секции Молекулярная биология 15 Международной Пущинской школы-конференции молодых ученых
  5. Премия благотворительного фонда “Будущее молекулярной генетики” (2010, 2012, 2014 гг.)


Список публикаций

  1. Oguienko A., Petushkov I., Pupov D., Esyunina D., Kulbachinskiy A. 2021. Universal functions of the σ finger in alternative σ factors during transcription initiation by bacterial RNA polymerase. RNA biology. Feb 25;1-10. Online ahead of print. IF 2019: 5,350. Quartiles: Q1. Citations 2021: 0. https://doi.org/10.1080/15476286.2021.1889254
  2. Shin Y., Qayyum M.Z., Pupov D., Esyunina D., Kulbachinskiy A., Murakami K.S. 2021. Structural basis of ribosomal RNA transcription regulation. Nature communications. Jan 22;12(1):528. IF 2020: 14,919. Quartiles: Q1. Citations 2021: 6. https://doi.org/10.1038/s41467-020-20776-y
  3. Pletnev P., Pupov D., Pshanichnaya L., Esyunina D., Petushkov I., Nesterchuk M., Osterman I., Rubtsova M., Mardanov A., Ravin N., Sergiev P., Kulbachinskiy A., Dontsova O. 2020. Rewiring of growth-dependent transcription regulation by a point mutation in region 1.1 of the housekeeping σ factor. Nucleic acids research. Nov 4;48(19):10802-10819. IF 2020: 16,971. Quartiles: Q1. Citations 2021: 1. https://doi.org/10.1093/nar/gkaa798
  4. Shikalov AB, Esyunina DM, Pupov DV, Kulbachinskiy AV, Petushkov IV. 2019. The σ24 Subunit of Escherichia coli RNA Polymerase Can Induce Transcriptional Pausing in vitro. Biochemistry (Moscow). 84(4):426-434. IF 2020: 2,487. Quartiles: Q2. Citations 2021: 1. https://doi.org/10.1134/s0006297919040102
  5. Pupov D., Ignatov A., Agapov A., Kulbachinskiy A. 2019. Distinct effects of DNA lesions on RNA synthesis by Escherichia coli RNA polymerase. Biochemical and biophysical research communications. 510:122-127. IF 2020: 3,575. Quartiles: Q2. Citations 2021: 6. https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2019.01.062
  6. Esyunina D., Pupov D., Kulbachinskiy A. 2019. Dual role of the σ factor in primer RNA synthesis by bacterial RNA polymerase. FEBS letters. 593:361-368. IF 2020: 4,124. Quartiles: Q1. Citations 2021: 0. https://doi.org/10.1002/1873-3468.13312
  7. Pupov D., Petushkov I., Esyunina D., Murakami K.S., Kulbachinskiy A. 2018. Region 3.2 of the σ factor controls the stability of rRNA promoter complexes and potentiates their repression by DksA. Nucleic acids research. 46:11477-11487. IF 2020: 16,971. Quartiles: Q1. Citations 2021: 11. https://doi.org/10.1093/nar/gky919
  8. Petushkov I., Esyunina D., Mekler V., Severinov K., Pupov D., Kulbachinskiy A. 2017. Interplay between σ region 3.2 and secondary channel factors during promoter escape by bacterial RNA polymerase. Biochemical journal. 474: 4053–4064. IF 2019: 4,097. Quartiles: Q1. Citations 2021: 12. https://doi.org/10.1042/bcj20170436
  9. Agapov A., Esyunina D., Pupov D., Kulbachinskiy A. 2016. Regulation of transcription initiation by Gfh factors from Deinococcus radiodurans. Biochemical journal. 473(23):4493-4505. IF 2019: 4,097. Quartiles: Q1. Citations 2021: 6. https://doi.org/10.1042/bcj20160659
  10. Esyunina D., Turtola M., Pupov D., Bass I., Klimašauskas S., Belogurov G., Kulbachinskiy A. 2016. Lineage-specific variations in the trigger loop modulate RNA proofreading by bacterial RNA polymerases. Nucleic acids research. 44:1298-1308. IF 2020: 16,971. Quartiles: Q1. Citations 2021: 21. https://doi.org/10.1093/nar/gkv1521
  11. Petushkov I., Pupov D., Bass I., Kulbachinsky A. 2015. Mutations in the CRE pocket of bacterial RNA polymerase affect multiple steps of transcription. Nucleic acids research. 43:5798-5809. IF 2020: 16,971. Quartiles: Q1. Citations 2021: 17. https://doi.org/10.1093/nar/gkv504
  12. Pupov D., Kulbachinskiy A. 2015. Single-stranded DNA aptamers for functional probing of bacterial RNA polymerase. Methods in Molecular Biology. 1276:165-83. IF 2020: 1,17. Quartiles: Q3. Citations 2021: 1. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-2392-2_9
  13. Basu R.S., Warner B.S., Molodtsov V., Pupov D., Esyunina D., Fernandez-Tornero C., Kulbachinskiy A., Murakami K.S. 2014. Structural basis of transcription initiation by bacterial RNA polymerase holoenzyme. Journal of biological chemistry. 289, 24549-24559. IF 2020: 5,157. Quartiles: Q1. Citations 2021: 119. https://doi.org/10.1074/jbc.m114.584037
  14. Pupov D., Kuzin I.A., Bass I., Kulbachinskiy A. 2014. Distinct functions of the RNA polymerase σ subunit region 3.2 in RNA priming and promoter escape. Nucleic acids research. 42:4494-4504. IF 2020: 16,971. Quartiles: Q1. Citations 2021: 55. https://doi.org/10.1093/nar/gkt1384
  15. Pupov D., Esyunina D., Feklistov A. and Kulbachinskiy A. 2013. Single-strand promoter traps for bacterial RNA polymerase. Biochemical journal. 452(2): 241-248. IF 2019: 4,097. Quartiles: Q1. Citations 2021: 5. https://doi.org/10.1042/bj20130069
  16. Miropolskaya N., Ignatov A., Bass I., Zhilina E., Pupov D., Kulbachinskiy A. 2012. Distinct functions of regions 1.1 and 1.2 of RNA polymerase σ subunits from Escherichia coli and Thermus aquaticus in transcription initiation. Journal of biological chemistry. 287: 23779-23789. IF 2020: 5,157. Quartiles: Q1. Citations 2021: 10. https://doi.org/10.1074/jbc.m112.363242
  17. Pupov D., Miropolskaya N., Sevostyanova A., Bass I., Artsimovitch I., Kulbachinskiy A. 2010. Multiple roles of the RNA polymerase β′-SW2 region in transcription initiation, promoter escape, and RNA elongation. Nucleic acids research. 38: 5784-5796. IF 2020: 16,971. Quartiles: Q1. Citations 2021: 31. https://doi.org/10.1093/nar/gkq355
  18. Pupov D.V., Kulbachinskiy A.V. 2010. Structural dynamics of the active center of multisubunit RNA polymerases during RNA synthesis and proofreading. Review. Molekulyarnaya Biologiya. 44: 573-590. IF 2020: 0,492. Quartiles: Q4. Citations 2021: 3. https://www.elibrary.ru/item.asp?id=15331031
  19. Pupov D.V., Barinova N.A., Kulbachinskiy A.V. 2008. Analysis of RNA Cleavage by RNA Polymerases from Escherichia coli and Deinococcus radiodurans. Biochemistry (Moscow), 73:725-729. IF 2020: 2,487. Quartiles: Q2. Citations 2021: 9. https://doi.org/10.1134/s000629790806014x
  20. Mozhina N.V., Burmistrova O.A., Pupov D.V., Rudenskaya G.N., Dunaevsky Ya.E., Demiduk I.V., and Kostrov S.V. 2008. Isolation and properties of Serratia proteamaculans 94 Cysteine Protease. Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 34(3):303-9. IF 2020: 0,79. Quartiles: Q4. Citations 2021: 8. https://doi.org/10.1134/s1068162008030035
  21. Rudenskaya G.N., Pupov D.V. 2008. Cysteine proteinases of microorganisms and viruses. Review. Biochemistry (Moscow). 73(1):1-13. IF 2020: 2,487. Quartiles: Q2. Citations 2021: 27. https://doi.org/10.1134/s000629790801001x