Пупов Данил Владимирович | Институт молекулярной генетики РАН

Пупов Данил Владимирович

Ученая степень:
кандидат биологических наук

Ученое звание:
без ученого звания


Подразделение ИМГ:
Лаборатория молекулярной генетики микроорганизмов

Должность в ИМГ:
Старший научный сотрудник


Телефон:
+7-499-196-00-15

Адрес электронной почты:
Файл с резюме (CV):


Основные научные интересы, направления исследований и результаты

Основная область научных интересов - регуляция экспрессии генов, молекулярные механизмы транскрипции, структура и функции РНК-полимеразы.

Направления исследований:
1) Анализ механизмов инициации транскрипции РНК-полимеразой.
2) Исследование механизмов катализа в активном центре РНК-полимеразы.  
3) Получение высокоспецифичных аптамеров к РНК-полимеразам и транскрипционным факторам различных бактерий и их использование для изучения структуры и функций РНК-полимеразы.



Преподавательская деятельность, руководство диссертациями

Руководство курсовыми и дипломными работами студентов кафедры Молекулярной биологии Биологического факультета МГУ имени М.В.Ломоносова:
2017 год – Огиенко Анастасия (бакалаврская дипломная работа)
2015 год – Егоршина Александра (бакалаврская дипломная работа)
2013 год – Петушков Иван (дипломная работа)
2012 год – Игнатов Артем (дипломная работа)
2012 год – Кузин Иван (дипломная работа)
2010 – 2011 года – Есюнина Дарья (дипломная и курсовая работы)
 
2012 – по настоящее время - разработка и чтение курса лекций «Молекулярная биология» (68 ауд. часов) для магистров 1 года Факультета нано-, био-, информационных и когнитивных технологий Московского физико-технического института.
 
2002 – по настоящее время - преподаватель (с 2013 года руководитель) Биологического отделения Летней многопредметной школы Кировской области (предмет – молекулярная биология).
 
2007 – по настоящее время - член Методической комиссии Всероссийского Турнира юных биологов (с 2011 – Председатель Жюри). Член организационных комитетов региональных этапов Турнира юных биологов в Москве, Санкт-Петербурге, Новосибирске, Кирове, Казани, Екатеринбурге, Ростове-на-Дону, Обнинске, Пензе, Якутске, Омске.
 
2012 – по настоящее время - научный руководитель и преподаватель Межрегиональных Учебно-тренировочных сборов «Современная биология» по подготовке к заключительному этапу Всероссийской олимпиады школьников по биологии (г. Киров).
 



Премии, заслуги, членство в научных обществах

  1. Медаль Российской академии наук с премией для молодых ученых за 2016 год
  2. Лауреат премии Конкурса молодых ученых в рамках научной конференции по биоорганической химии и биотехнологии «Х чтения памяти академика Ю.А. Овчинникова»
  3. Диплом за лучший устный доклад секции Молекулярная биология 15 Международной Пущинской школы-конференции молодых ученых
  4. Премия благотворительного фонда “Будущее молекулярной генетики” (2010, 2012, 2014 гг.)


Список публикаций

  1. Petushkov I., Esyunina D., Mekler V., Severinov K., Pupov D., Kulbachinskiy A. 2017. Interplay between σ region 3.2 and secondary channel factors during promoter escape by bacterial RNA polymerase. Biochem J. 474: 4053–4064.
  2. Agapov A., Esyunina D., Pupov D., Kulbachinskiy A. 2016. Regulation of transcription initiation by Gfh factors from Deinococcus radiodurans. Biochem J. 473(23):4493-4505.
  3. Esyunina D., Turtola M., Pupov D., Bass I., Klimašauskas S., Belogurov G., Kulbachinskiy A. 2016. Lineage-specific variations in the trigger loop modulate RNA proofreading by bacterial RNA polymerases. Nucl. Acids Res. 44:1298-1308.
  4. Petushkov I., Pupov D., Bass I., Kulbachinsky A. 2015. Mutations in the CRE pocket of bacterial RNA polymerase affect multiple steps of transcription. Nucl. Acids Res. 43:5798-5809.
  5. Pupov D., Kulbachinskiy A. 2015. Single-stranded DNA aptamers for functional probing of bacterial RNA polymerase. Methods in Molecular Biology. 1276:165-83.
  6. Basu R.S., Warner B.S., Molodtsov V., Pupov D., Esyunina D., Fernandez-Tornero C., Kulbachinskiy A., Murakami K.S. 2014. Structural basis of transcription initiation by bacterial RNA polymerase holoenzyme. J. Biol. Chem. 289, 24549-24559.
  7. Pupov D., Kuzin I.A., Bass I., Kulbachinskiy A. 2014. Distinct functions of the RNA polymerase σ subunit region 3.2 in RNA priming and promoter escape. Nucl. Acids Res. 42:4494-4504.
  8. Pupov D., Esyunina D., Feklistov A. and Kulbachinskiy A. 2013. Single-strand promoter traps for bacterial RNA polymerase. Biochem. J. 452(2): 241-248
  9. Miropolskaya N., Ignatov A., Bass I., Zhilina E., Pupov D., Kulbachinskiy A. 2012. Distinct functions of regions 1.1 and 1.2 of RNA polymerase σ subunits from Escherichia coli and Thermus aquaticus in transcription initiation. J. Biol. Chem. 287: 23779-23789.
  10. Pupov D., Miropolskaya N., Sevostyanova A., Bass I., Artsimovitch I., Kulbachinskiy A. 2010. Multiple roles of the RNA polymerase β′-SW2 region in transcription initiation, promoter escape, and RNA elongation. Nucl. Acids Res. 38: 5784-5796.
  11. Pupov D.V., Kulbachinskiy A.V. 2010. Structural dynamics of the active center of multisubunit RNA polymerases during RNA synthesis and proofreading. Review. Mol. Biol. (Mosk). 44: 573-590.
  12. Pupov D.V., Barinova N.A., Kulbachinskiy A.V. 2008. Analysis of RNA Cleavage by RNA Polymerases from Escherichia coli and Deinococcus radiodurans. Biochemistry (Moscow), 73: 725-729.
  13. Mozhina N.V., Burmistrova O.A., Pupov D.V., Rudenskaya G.N., Dunaevsky Ya.E., Demiduk I.V., and Kostrov S.V. 2008. Isolation and properties of Serratia proteamaculans 94 Cysteine Protease. Russian Journal of Bioorganic Chemistry, Vol. 34, No. 3, p.274.
  14. Rudenskaya G.N., Pupov D.V. 2008. Cysteine proteinases of microorganisms and viruses. Review. Biochemistry (Moscow), Jan 73(1), p.1-13.