Макарова Алена Владимировна | Институт молекулярной генетики РАН

Макарова Алена Владимировна

Ученая степень:
кандидат биологических наук

Ученое звание:
без ученого звания


Подразделение ИМГ:
Группа «Специализированные ДНК-полимеразы»

Должность в ИМГ:
Заведующий группой


Телефон:
+7-499-196-00-15

Адрес электронной почты:


Основные научные интересы, направления исследований и результаты

Основными направлениями исследований являются: изучение механизмов репликации и регуляции активности высокоошибочных специализированных ДНК-полимераз человека (Pol iota, Pol eta, Pol zeta и PrimPol), синтез через поврежденные участки ДНК.
 



Преподавательская деятельность, руководство диссертациями

Болдинова Елизавета Олеговна, младший научный сотрудник, аспирант.
Шилкин Евгений Сергеевич,  младший научный сотрудник, аспирант.



Премии, заслуги, членство в научных обществах

1. Победитель конкурса молодых биологов Фонда Дмитрия Зимина «Династия».
2. Стипендия Президента РФ для молодых ученых 2016-2017.
3. Премия L`oreal Unesco "Для женщин в науке"



Список публикаций

  1. Boldinova E.O., Ignatov A.V., Kulbachinskiy A.V., Makarova A.V. The active site residues Gln55 and Arg73 play a key role in DNA damage bypass by S. cerevisiae Pol η // Scientific Reports, on revision.
  2. Miropolskaya N., Petushkov I., Kulbachinskiy A., Makarova A.V. Identification of amino acid residues involved in the dRP-lyase activity of human Pol ι // Scientific Reports 2017, 7, 10194.
  3. Kazachenko K.Y., Miropolskaya N.A., Gening L.G., Tarantul V.Z., Makarova A.V. Alternative splicing at exon 2 results in the loss of the catalytic activity of mouse DNA polymerase iota in vitro // DNA Repair, 2017, 50:77-82.
  4. Boldinova E.O., Wanrooij P.H., Shilkin E.S., Wanrooij S., Makarova A.V. DNA damage tolerance by eukaryotic DNA polymerase and primase PrimPol // Int. J. Mol. Sci. 2017, 18(7), pii: E1584.
  5. Boldinova E.O., Stojkovič G., Khairullin R., Wanrooij S., Makarova A.V. Optimization of the expression, purification and polymerase activity reaction conditions of recombinant human PrimPol // PLoS One, 2017, PLoS ONE 12(9): e0184489.
  6. Игнатов А.В., Бондаренко К.А., Макарова А.В. Пути образования, репарации и репликации необъемных повреждений у человека // Acta Naturae,  2017, т.9, №3(34), С. 45 — 60.
  7. Kochenova O.V., Bezalel-Buch R., Tran P., Makarova A.V., Chabes A., Burgers P.M., Shcherbakova P.V. Yeast DNA polymerase ζ maintains consistent activity and mutagenicity across a wide range of physiological dNTP concentrations // Nucleic Acids Research, 2017, 45(3):1200-1218.
  8. Sawicka M., Wanrooij P.H., Darbari V.C., Tannous E., Hailemariam S., Bose D., Makarova A.V., Burgers P.M., Zhang X. The dimeric architecture of checkpoint kinases Mec1/ATR and Tel1/ATM reveal a common structural organisation // J Biol Chem, 2016: 291,13436-13447.
  9. Stojkovič G.*, Makarova A.V*., Wanrooij P.H., Forslund J., Burgers P.M., Wanrooij S. Oxidative DNA damage stalls the human mitochondrial replisome // Scientific Reports, 2016: 6, 28942. * equal contribution.
  10. Makarova A.V. and Burgers P.M. Eukaryotic DNA polymerase zeta // DNA Repair, 2015: 29, 47-55. (review)
  11. Makarova A.V., Ignatov A., Miropolskaya N, Kulbachinskiy A. Roles of the active site residues and metal cofactors in noncanonical base-pairing during catalysis by human DNA polymerase iota // DNA Repair, 2014, 22: 67-76.
  12. Makarova A.V. and Burgers P. “DNA polymerase ζ and Mutagenesis in Eukaryotic Cells,.”, in “Translesion DNA polymerases: from DNA repair and beyond”, Maiorano D. and Hoffmann J-S., Eds.: Research Signpost, 2015, 153-177. (chapter in a book).
  13. Lin Y.C., Li L., Makarova A.V., Burgers P.M., Stone M.P., Lloyd R.S. Error-prone Replication Bypass of the Primary Aflatoxin B1 DNA Adduct, AFB1-N7-Gua // J Biol Chem, 2014: 289(26), 18497-18506.
  14. Lin Y.C., Li L., Makarova A.V., Burgers P.M., Stone M.P., Lloyd R.S. Molecular basis of aflatoxin-induced mutagenesis – role of the aflatoxin B1-formamidopyrimidine adduct // Carcinogenesis, 2014: 35(7), 1461-1468.
  15. Makarova A.V., Nick McElhinny S.A., Watts B.E., Kunkel T.A., Burgers P.M. Ribonucleotide incorporation by yeast DNA polymerase ζ // DNA Repair, 2014: 18, 63-67.
  16. Makarova A.V., Stodola J.L., Burgers P.M. A four-subunit DNA polymerase ζ complex containing Pol δ accessory subunits is essential for PCNA-mediated mutagenesis // Nucleic Acids Research, 2012: 40(22), 11618 – 11626.
  17. Smith L.A.*, Makarova A.V.*, Samson L., Thiesen K.E., Dhar A., Bessho T. Bypass of a psoraen DNA interstrand cross-link by DNA polymerases beta, iota, and kappa in vitro // Biochemistry, 2012:51, 8931 – 8938. * equal contribution.
  18. Макарова А.В. и Кульбачинский А.В. Структура ДНК-полимеразы йота человека и механизм синтеза ДНК // Биохимия, 2012: 22(6), 669 – 685.
  19. Lachin A.V., Kazakov A.A., Makarova A.V., Pavlov Y.I., Efremova A.S., Shram S.I., Тarantul V.Z., Gening L.V. Isolation and characterization of high affinity aptamers selected against DNA polymerase iota // Nucleic Acid Ther., 2012: 22 (1), 49 – 57.
  20. Makarova I.V., Kazakov A.A., Makarova A.V., Khaidarova N.V., Kozikova L.V., Nenasheva V.N., Gening L.V., Tarantul V.Z., Andreeva L.E. Transient expression and activity of human DNA polymerase iota in loach embryos // Biotechnology Letters, 2012: 34 (2), 205 – 212.
  21. Makarova A.V., Grabow C., Gening L.V., Tarantul V.Z., Tahirov T.T., Bessho T. Pavlov Y.I. Inaccurate DNA synthesis due to the presence of DNA polymerase iota activity in whole cell extracts // PLOS One, 2011: 6 (1), 1 – 10.
  22. Kazakov A.A., Makarova A.V., Grishina E.E., Tarantul V.Z., Gening L.V. Activity of DNA polymerase iota in human basal cell carcinoma // Curr. Topics Biochem. Res, 2010: 12 (2), 39 – 49.
  23. Макарова А.В., Генинг Л.В., Макарова И.В., Тарантул В.З. Активность склонной к ошибкам ДНК-полимеразы йота в разные периоды отногенеза домовой мыши Mus musculus // Онтогенез, 2008: 39(5), 367 – 373.
  24. Макарова А.В., Генинг Л.В., Тарантул В.З. Эволюция структуры и функции ДНК-полимеразы йота у эукариот // Биохимия, 2008: 73(3), 426 – 433.
  25. Генинг Л.В., Макарова А.В., Малашенко А.М., Тарантул В.З. Фальшивая нота ДНК-полимеразы йота в ансамбле защитников генома млекопитающих // Биохимия, 2006: 71(2), 155 – 159