Калмыкова Алла Ивановна | Институт молекулярной генетики
 |
Ученая степень:
доктор биологических наук
Ученое звание:
без ученого звания
Подразделение ИМГ:
Лаборатория исследования геномных повторов эукариот
Должность в ИМГ:
Заведующий лабораторией
Телефон:
+7-499-196-00-19
Адрес электронной почты: |
Основные научные интересы, направления исследований и результаты
Основные направления исследований посвящены фундаментальным вопросам геномики высших эукариот, таким как изучение структуры, эволюции и функционирования гетерохроматических последовательностей и роли коротких РНК в регуляции активности мобильных элементов на модельном объекте Drosophila. Мы исследуем различные аспекты работы системы piРНК (PIWI interacting RNA) в герминальных тканях дрозофилы и раннем эмбриогенезе, включая роль материнских коротких РНК в эпигенетическом механизме сайленсинга. Отдельное направление работы связано с изучением структура теломерного комплекса в герминальных тканях и раннем развитии, а также ролью piРНК в функционировании теломер.
С 2005 г., когда была создана Группа исследования геномных повторов эукариот, были получены следующие результаты:
2005-2007. Показано участие системы piРНК-сайленсинга в контроле длины теломер у дрозофилы (Savitsky et al. 2006; Shpiz et al. 2007)
2008-20011. Исследовались особенности регуляции экспрессии теломерных ретротранспозонов у дрозофилы. Картирован антисмысловой промотор теломерного ретроэлемента НеТ-А; показано, что короткие РНК ингибируют экспрессию теломерных и других ретротранспозонов на транскрипционном уровне (Shpiz et al 2009; Shpiz et al. 2011).
2011-2014 Обнаружено явление формирования de novo piРНК кластеров на трансгенных конструкциях и эндогенных копиях мобильных элементов в эухроматине. Исследуется структурная организация эндогенных и трансген-ассоциированных piРНК кластеров в геноме дрозофилы (Olovnikov et al 2013; Shpiz et al. 2014)
2012-2015 Исследуется генетический контроль нарушений функции теломер (слияния теломер) в раннем развитии дрозофилы (Morgunova et al 2015). Очистка и изучение состава теломерного белкового комплекса в яичниках и раннем развитии Drosophila.
С 2005 г., когда была создана Группа исследования геномных повторов эукариот, были получены следующие результаты:
2005-2007. Показано участие системы piРНК-сайленсинга в контроле длины теломер у дрозофилы (Savitsky et al. 2006; Shpiz et al. 2007)
2008-20011. Исследовались особенности регуляции экспрессии теломерных ретротранспозонов у дрозофилы. Картирован антисмысловой промотор теломерного ретроэлемента НеТ-А; показано, что короткие РНК ингибируют экспрессию теломерных и других ретротранспозонов на транскрипционном уровне (Shpiz et al 2009; Shpiz et al. 2011).
2011-2014 Обнаружено явление формирования de novo piРНК кластеров на трансгенных конструкциях и эндогенных копиях мобильных элементов в эухроматине. Исследуется структурная организация эндогенных и трансген-ассоциированных piРНК кластеров в геноме дрозофилы (Olovnikov et al 2013; Shpiz et al. 2014)
2012-2015 Исследуется генетический контроль нарушений функции теломер (слияния теломер) в раннем развитии дрозофилы (Morgunova et al 2015). Очистка и изучение состава теломерного белкового комплекса в яичниках и раннем развитии Drosophila.
Преподавательская деятельность, руководство диссертациями
Научный руководитель 4 кандидатских диссертаций. Руководство работами аспирантов, студентов.
Список публикаций
Список основных публикаций 2005-2015 г.г.:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Kalmykova+A+drosophila
1. Kalmykova A.I., Kwon D.A., Rozovsky Ya.M., Hueber N., Capy P., Maisonhaute C., and Gvozdev V.A. Selective expansion of the newly evolved genomic variants of retrotransposon 1731 in the Drosophila genomes. Mol. Biol. Evol. 21: 2281-2289, 2004.
2. Kalmykova A.I., Nurminsky D.I., Ryzhov D.V., Shevelyov Y.Y. Regulated chromatin domain comprising cluster of co-expressed genes in Drosophila melanogaster Nucl. Acids Res. 33: 1435-1444, 2005.
3. Kalmykova A.I., Klenov M.S., and Gvozdev V.A. Argonaute protein PIWI controls mobilization of retrotransposons in the Drosophila male germ line. Nucl. Acids Res. 33: 2052-2059, 2005.
4. M. Savitsky, D. Kwon, P. Georgiev, A. Kalmykova, V. Gvozdev Telomere elongation is under the control of the RNAi-based mechanism in the Drosophila germline. Genes Dev. 20: 345-354, 2006.
5. Шпиз С.Г., Калмыкова А.И. Структура теломерного хроматина у Drosophila. Биохимия 70: 759-773, 2007.
6. S. Shpiz , D. Kwon, A. Uneva, M. Kim, M. Klenov, Y. Rozovsky, P.. Georgiev , M. Savitsky , A. Kalmykova Characterization of Drosophila telomeric retroelement TAHRE: transcription, transpositions and RNAi-based regulation of expression.. Mol. Biol. Evol. 24:2535-45, 2007.
7. S. Shpiz , D. Kwon, Y. Rozovsky, A. Kalmykova rasiRNA pathway controls antisense expression of Drosophila telomeric retrotransposons in the nucleus Nucl. Acids Res. 37: 268-278, 2009.
8. S. Shpiz and A. Kalmykova Epigenetic transmission of piRNAs through the female germline Genome Biology 10: 208, 2009.
9. Shpiz S, Olovnikov I, Sergeeva A, Lavrov S, Abramov Y, Savitsky M, Kalmykova A. Mechanism of the piRNA-mediated silencing of Drosophila telomeric retrotransposons. Nucleic Acids Res. 39: 8703-8711, 2011.
10. S. Shpiz and A. Kalmykova Control of telomere length in Drosophila, chapter for the book " "Reviews on Selected Topics of Telomere Biology", Bibo Li (Ed.), ISBN: 978-953-51-0849-8, pp. 31-56, InTech, 2012.
11. Olovnikov I, Ryazansky S, Shpiz S, Lavrov S, Abramov Y, Vaury C, Jensen S, Kalmykova A. De novo piRNA cluster formation in the Drosophila germ line triggered by transgenes containing a transcribed transposon fragment.Nucleic Acids Res. 2013 41: 5757-68, 2013.
12. И.А. Оловников, А.И. Калмыкова. piРНК кластеры как основной источник коротких РНК в герминальных тканях животных. БИОХИМИЯ, 78: 647 – 662, 2013.
13. S. Shpiz, S. Ryazansky, I. Olovnikov, Y. Abramov, A Kalmykova. Euchromatic transposon insertions trigger production of novel pi- and endo-siRNAs at the target sites in the Drosophila germline, PLOS Genetics, 10:e1004138, 2014.
14. Morgunova V, Akulenko N, Radion E, Olovnikov I, Abramov Y, Olenina LV, Shpiz S, Kopytova DV, Georgieva SG, Kalmykova A. Telomeric repeat silencing in germ cells is essential for early development in Drosophila. Nucleic Acids Res. 2015 Aug 3. pii: gkv775.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Kalmykova+A+drosophila
1. Kalmykova A.I., Kwon D.A., Rozovsky Ya.M., Hueber N., Capy P., Maisonhaute C., and Gvozdev V.A. Selective expansion of the newly evolved genomic variants of retrotransposon 1731 in the Drosophila genomes. Mol. Biol. Evol. 21: 2281-2289, 2004.
2. Kalmykova A.I., Nurminsky D.I., Ryzhov D.V., Shevelyov Y.Y. Regulated chromatin domain comprising cluster of co-expressed genes in Drosophila melanogaster Nucl. Acids Res. 33: 1435-1444, 2005.
3. Kalmykova A.I., Klenov M.S., and Gvozdev V.A. Argonaute protein PIWI controls mobilization of retrotransposons in the Drosophila male germ line. Nucl. Acids Res. 33: 2052-2059, 2005.
4. M. Savitsky, D. Kwon, P. Georgiev, A. Kalmykova, V. Gvozdev Telomere elongation is under the control of the RNAi-based mechanism in the Drosophila germline. Genes Dev. 20: 345-354, 2006.
5. Шпиз С.Г., Калмыкова А.И. Структура теломерного хроматина у Drosophila. Биохимия 70: 759-773, 2007.
6. S. Shpiz , D. Kwon, A. Uneva, M. Kim, M. Klenov, Y. Rozovsky, P.. Georgiev , M. Savitsky , A. Kalmykova Characterization of Drosophila telomeric retroelement TAHRE: transcription, transpositions and RNAi-based regulation of expression.. Mol. Biol. Evol. 24:2535-45, 2007.
7. S. Shpiz , D. Kwon, Y. Rozovsky, A. Kalmykova rasiRNA pathway controls antisense expression of Drosophila telomeric retrotransposons in the nucleus Nucl. Acids Res. 37: 268-278, 2009.
8. S. Shpiz and A. Kalmykova Epigenetic transmission of piRNAs through the female germline Genome Biology 10: 208, 2009.
9. Shpiz S, Olovnikov I, Sergeeva A, Lavrov S, Abramov Y, Savitsky M, Kalmykova A. Mechanism of the piRNA-mediated silencing of Drosophila telomeric retrotransposons. Nucleic Acids Res. 39: 8703-8711, 2011.
10. S. Shpiz and A. Kalmykova Control of telomere length in Drosophila, chapter for the book " "Reviews on Selected Topics of Telomere Biology", Bibo Li (Ed.), ISBN: 978-953-51-0849-8, pp. 31-56, InTech, 2012.
11. Olovnikov I, Ryazansky S, Shpiz S, Lavrov S, Abramov Y, Vaury C, Jensen S, Kalmykova A. De novo piRNA cluster formation in the Drosophila germ line triggered by transgenes containing a transcribed transposon fragment.Nucleic Acids Res. 2013 41: 5757-68, 2013.
12. И.А. Оловников, А.И. Калмыкова. piРНК кластеры как основной источник коротких РНК в герминальных тканях животных. БИОХИМИЯ, 78: 647 – 662, 2013.
13. S. Shpiz, S. Ryazansky, I. Olovnikov, Y. Abramov, A Kalmykova. Euchromatic transposon insertions trigger production of novel pi- and endo-siRNAs at the target sites in the Drosophila germline, PLOS Genetics, 10:e1004138, 2014.
14. Morgunova V, Akulenko N, Radion E, Olovnikov I, Abramov Y, Olenina LV, Shpiz S, Kopytova DV, Georgieva SG, Kalmykova A. Telomeric repeat silencing in germ cells is essential for early development in Drosophila. Nucleic Acids Res. 2015 Aug 3. pii: gkv775.