Лаборатория механизмов репликации поврежденной ДНК | Институт молекулярной генетики РАН

Макарова Алена Владимировна

Макарова Алена Владимировна
Заведующий лабораторией
Ученая степень:
кандидат биологических наук
Ученое звание:
без ученого звания
Адрес электронной почты:
Телефон:
   
   

Список сотрудников

Макарова Алена Владимировна, к.б.н., зав. лабораторией
Болдинова Елизавета Олеговна, младший научный сотрудник, аспирант
Шилкин Евгений Сергеевич,  младший научный сотрудник, аспирант
Гагаринская Диана Игоревна, аспирант
Полтораченко Валентин Анатольевич, старший лаборант
Макарова Анна Владимировна, лаборант
 

 

   
   

Основные направления исследований

Группа изучает ответ клеток на повреждение ДНК и механизмы репликации поврежденной ДНК с участием высокоошибочных специализированных ДНК-полимераз человека (спецДНКП): Pol iota, Pol eta, Pol zeta, PrimPol.

Основные направления исследований:

  • эффективность и точность синтеза ДНК на ДНК-матрицах с разными типами повреждений,
  • структурно-функциональная организация акивных центров спецДНКП,
  • регуляция активности и переключение спецДНКП,
  • влияние мутаций и полиморфизмов (прежде всего, обнаруженных у онкологических пациентов) на активность спецДНКП.
  • получение аптамеров-ингибиторов к спецДНКП.

 
Исследования поддержаны грантами:
 
Текущие проекты

  1. РНФ. «Функциональные свойства нового фермента человека – праймазы-полимеразы PrimPol». 2018-2020.
  2. РФФИ 19-34-90147-аспирант, «Роль структурных элементов и консервативных аминокислотных остатков в ДНК-полимеразной и праймазной активностях PrimPol человека» 2019-2021.
  3. РФФИ 18-04-00777-а. Получение ингибиторов ДНК-полимеразы и праймазы человека PrimPol на основе аптамеров. 2018-2020.
  4. РФФИ 17-00-00264-комфи. «Функциональный полиморфизм генов репликации ДНК как основа вариабельности клинического ответа на радио- и химиотерапию» (совместно с А.А. Ризвановым и Д.О. Жарковым). 2018-2020.
  5. РФФИ 18-54-00024-Бел-а, «Генетическая изменчивость и биохимическая характеристика ДНК полимераз Pol zeta, Rev1 и Pol iota при раке мочевого пузыря» (совместно с М. Смаль). 2018-2019. 

Завершенные проекты

  1. РФФИ (а). «Молекулярные механизмы функционирования ДНК-полимеразы йота человека при репликации и репарации», 2012-2014.
  2. Программа Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология» Новые группы. «Механизмы репликации поврежденной и неповрежденной ДНК специализированными ДНК-полимеразами человека», 2015-2017.
  3. РФФИ (а). «Включение рибонуклеотидов специализированными ДНК-полимеразами человека при репликации поврежденной и неповрежденной ДНК», 2015-2017.
  4. РФФИ (мол_а_мос). «Влияние клинических мутаций специализированных ДНК-полимераз человека на репликацию ДНК», 2016-2017.
   
   

Основные достижения

  1. Макарова А.В. - Премия L`oreal Unesco "Для женщин в науке", 2017
  2. Макарова А.В. - Стипендия фонда Д. Зимина «Династия». «Влияние повреждений ДНК на эффективность и точность ДНК-полимераз человека Y- и B-семейств», 2014-2016.
  3. Макарова А.В. - Стипендия Президента РФ молодым ученым. «Получение ингибиторов ДНК-полимеразы эта на основе аптамеров» 2016-2017.
  4. Болдинова Е.О. - Стипендия Президента РФ студентам и аспирантам, 2018-2019
    
    

Основные публикации

За последние 5 лет:

  1. Yudkina A.V., Shilkin E.S., Endutkin A.V., Makarova A.V.*, Zharkov D.O.* Reading and misreading 8-oxoguanine, a paradigmatic ambiguous nucleobase // Crystals, 2019, 9(5): 269, *corresponding authors
  2. Kim D.V., Makarova A.V., Miftakhova R.R. Zharkov D.O. Base excision DNA repair deficient cells: from disease models to genotoxicity sensors // Curr Pharm Design, 2019, 25(3): 298 — 312
  3. Boldinova E.O., Khairullin R.K., Makarova A.V.*, Zharkov D.O.* Isoforms of base excision repair enzymes produced by alternative splicing // Int J Mol Sc., 2019, 20(13). pii: E3279. *corresponding authors
  4. Gagarinskaya D.I., Makarova A.V. A multifunctional protein PolDIP2 in DNA translesion synthesis // Adv Exp Med Biol, 2019, in press
  5. Boldinova E.O., Ignatov A.V., Kulbachinskiy A.V., Makarova A.V. The active site residues Gln55 and Arg73 play a key role in DNA damage bypass by S. cerevisiae Pol η // Scientific Reports, 2018, 8 (1), 1031
  6. Makarova A.V.*, Boldinova E.O., Belousova E.A., Lavrik O.I.* In vitro lesion bypass by human PrimPol // DNA Repair, 2018, 70:18-24
  7. Kazachenko K.Y., Miropolskaya N.A., Gening L.G., Tarantul V.Z., Makarova A.V. Alternative splicing at exon 2 results in the loss of the catalytic activity of mouse DNA polymerase iota in vitro // DNA Repair, 2017, 50:77-82
  8. Boldinova E.O., Wanrooij P.H., Shilkin E.S., Wanrooij S., Makarova A.V. DNA damage tolerance by eukaryotic DNA polymerase and primase PrimPol // Int. J. Mol. Sci. 2017, 18(7), pii: E1584
  9. Miropolskaya N., Petushkov I., Kulbachinskiy A., Makarova A.V. Identification of amino acid residues involved in the dRP-lyase activity of human Pol ι // Scientific Reports 2017, 7, 10194
  10. Boldinova E.O., Stojkovič G., Khairullin R., Wanrooij S., Makarova A.V. Optimization of the expression, purification and polymerase activity reaction conditions of recombinant human PrimPol // PLoS One, 2017, 12(9): e0184489.
  11. Игнатов А.В., Бондаренко К.А., Макарова А.В*. Пути образования, репарации и репликации необъемных повреждений у человека // Acta Naturae, 2017, 9:12-26
  12. Stojkovič G.*, Makarova A.V*., Wanrooij P.H., Forslund J., Burgers P.M., Wanrooij S. Oxidative DNA damage stalls the human mitochondrial replisome // Scientific Reports, 2016: 6, 28942. * equal contribution
  13. Makarova A.V. and Burgers P.M. Eukaryotic DNA polymerase zeta // DNA Repair, 2015: 29, 47-55
  14. Makarova A.V.*, Ignatov A., Miropolskaya N, Kulbachinskiy A.* Roles of the active site residues and metal cofactors in noncanonical base-pairing during catalysis by human DNA polymerase iota // DNA Repair, 2014, 22: 67-76. *corresponding authors