Группа «Специализированные ДНК-полимеразы» | Институт молекулярной генетики РАН

Макарова Алена Владимировна

Макарова Алена Владимировна
Заведующий группой
Ученая степень:
кандидат биологических наук
Ученое звание:
без ученого звания
Адрес электронной почты:
Телефон:
   
   

Список сотрудников

Макарова Алена Владимировна, к.б.н., зав. группой
Болдинова Елизавета Олеговна, младший научный сотрудник, аспирант
Шилкин Евгений Сергеевич, младший научный сотрудник, аспирант
Полтораченко Валентин Анатольевич, старший лаборант
Козырева Ксения Александровна, старший лаборант
Макарова Анна Владимировна, лаборант
 

 
Нажмите на картинку для увеличения  

 

   
   

Основные направления исследований

Группа изучает ответ клеток на повреждение ДНК и механизмы репликации поврежденной ДНК с участием высокоошибочных специализированных ДНК-полимераз человека (спецДНКП): Pol iota, Pol eta, Pol zeta, PrimPol.
Основные направления исследований:
- эффективность и точность синтеза ДНК на ДНК-матрицах с разными типами повреждений,
- структурно-функциональная организация акивных центров спецДНКП,
- регуляция активности и переключение спецДНКП,
- влияние мутаций и полиморфизмов (прежде всего, обнаруженных у онкологических пациентов) на активность спецДНКП.
- получение аптамеров-ингибиторов к спецДНКП.
 
Исследования поддержаны грантами:

1. РФФИ (а). «Молекулярные механизмы функционирования ДНК-полимеразы йота человека при репликации и репарации», 2012-2014.
2. Именная стипендия фонда Дмитирия Зимина «Династия». «Влияние повреждений ДНК на эффективность и точность ДНК-полимераз человека Y- и
    B-семейств», 2014-2016.
3. Программа Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология» Новые группы. «Механизмы репликации поврежденной и неповрежденной ДНК
    специализированными ДНК-полимеразами человека», 2015-2017.
4. РФФИ (а). «Включение рибонуклеотидов специализированными ДНК-полимеразами человека при репликации поврежденной и неповрежденной
    ДНК», 2015-2017.
5. РФФИ (мол_а_мос). «Влияние клинических мутаций специализированных ДНК-полимераз человека на репликацию ДНК», 2016-2017.
6. Стипендия Президента РФ молодым ученым. «Получение ингибиторов ДНК-полимеразы эта на основе аптамеров» 2016-2017.
7. РФФИ (а). Получение ингибиторов ДНК-полимеразы и праймазы человека PrimPol на основе аптамеров. 2018-2020.
8. РФФИ (комфи). «Функциональный полиморфизм генов репликации ДНК как основа вариабельности клинического ответа на радио- и химиотерапию»
    (совместно с А.А. Ризвановым и Д.О. Жарковым). 2018-2020.
9. РНФ. «Функциональные свойства нового фермента человека – праймазы-полимеразы PrimPol». 2018-2020.

   
   

Основные достижения

Группа организована в 2014 году

    
    

Основные публикации

  1. Boldinova E.O., Ignatov A.V., Kulbachinskiy A.V., Makarova A.V. The active site residues Gln55 and Arg73 play a key role in DNA damage bypass by S. cerevisiae Pol η // Scientific Reports, on revision.
  2. Miropolskaya N., Petushkov I., Kulbachinskiy A., Makarova A.V. Identification of amino acid residues involved in the dRP-lyase activity of human Pol ι // Scientific Reports 2017, 7, 10194
  3. Kazachenko K.Y., Miropolskaya N.A., Gening L.G., Tarantul V.Z., Makarova A.V. Alternative splicing at exon 2 results in the loss of the catalytic activity of mouse DNA polymerase iota in vitro // DNA Repair, 2017, 50:77-82.
  4. Boldinova E.O., Wanrooij P.H., Shilkin E.S., Wanrooij S., Makarova A.V. DNA damage tolerance by eukaryotic DNA polymerase and primase PrimPol // Int. J. Mol. Sci. 2017, 18(7), pii: E1584.
  5. Boldinova E.O., Stojkovič G., Khairullin R., Wanrooij S., Makarova A.V. Optimization of the expression, purification and polymerase activity reaction conditions of recombinant human PrimPol // PLoS One, 2017, PLoS ONE 12(9): e0184489.
  6. Игнатов А.В., Бондаренко К.А., Макарова А.В. Пути образования, репарации и репликации необъемных повреждений у человека // Acta Naturae,  2017, т.9, №3(34), С. 45 — 60.
  7. Kochenova O.V., Bezalel-Buch R., Tran P., Makarova A.V., Chabes A., Burgers P.M., Shcherbakova P.V. Yeast DNA polymerase ζ maintains consistent activity and mutagenicity across a wide range of physiological dNTP concentrations // Nucleic Acids Research, 2017, 45(3):1200-1218
  8. Sawicka M., Wanrooij P.H., Darbari V.C., Tannous E., Hailemariam S., Bose D.,   Makarova A.V., Burgers P.M., Zhang X. The dimeric architecture of checkpoint kinases Mec1/ATR and Tel1/ATM reveal a common structural organisation // J Biol Chem, 2016: 291,13436-13447.
  9. Stojkovič G.*, Makarova A.V*., Wanrooij P.H., Forslund J., Burgers P.M., Wanrooij S. Oxidative DNA damage stalls the human mitochondrial replisome // Scientific Reports, 2016: 6, 28942. * equal contribution
  10. Makarova A.V. and Burgers P.M. Eukaryotic DNA polymerase zeta // DNA Repair, 2015: 29, 47-55. (review)
  11. Makarova A.V., Ignatov A., Miropolskaya N, Kulbachinskiy A. Roles of the active site residues and metal cofactors in noncanonical base-pairing during catalysis by human DNA polymerase iota // DNA Repair, 2014, 22: 67-76.
  12. Makarova A.V. and Burgers P. “DNA polymerase ζ and Mutagenesis in Eukaryotic Cells,.”, in “Translesion DNA polymerases: from DNA repair and beyond”, Maiorano D. and Hoffmann J-S., Eds.: Research Signpost, 2015, 153-177. (chapter in a book).
  13. Lin Y.C., Li L., Makarova A.V., Burgers P.M., Stone M.P., Lloyd R.S. Error-prone Replication Bypass of the Primary Aflatoxin B1 DNA Adduct, AFB1-N7-Gua // J Biol Chem, 2014: 289(26), 18497-18506.
  14. Lin Y.C., Li L., Makarova A.V., Burgers P.M., Stone M.P., Lloyd R.S. Molecular basis of aflatoxin-induced mutagenesis – role of the aflatoxin B1-formamidopyrimidine adduct // Carcinogenesis, 2014: 35(7), 1461-1468.
  15. Makarova A.V., Nick McElhinny S.A., Watts B.E., Kunkel T.A., Burgers P.M. Ribonucleotide incorporation by yeast DNA polymerase ζ // DNA Repair, 2014: 18, 63-67.
  16. Makarova A.V., Stodola J.L., Burgers P.M. A four-subunit DNA polymerase ζ complex containing Pol δ accessory subunits is essential for PCNA-mediated mutagenesis // Nucleic Acids Research, 2012: 40(22), 11618 – 11626.
  17. Smith L.A., Makarova A.V., Samson L., Thiesen K.E., Dhar A., Bessho T. Bypass of a psoraen DNA interstrand cross-link by DNA polymerases beta, iota, and kappa in vitro // Biochemistry, 2012:51, 8931 – 8938.
  18. Макарова А.В. и Кульбачинский А.В. Структура ДНК-полимеразы йота человека и механизм синтеза ДНК // Биохимия, 2012: 22(6), 669 – 685.
  19. Lachin A.V., Kazakov A.A., Makarova A.V., Pavlov Y.I., Efremova A.S., Shram S.I., Тarantul V.Z., Gening L.V. Isolation and characterization of high affinity aptamers selected against DNA polymerase iota // Nucleic Acid Ther., 2012: 22 (1), 49 – 57.
  20. Makarova I.V., Kazakov A.A., Makarova A.V., Khaidarova N.V., Kozikova L.V., Nenasheva V.N., Gening L.V., Tarantul V.Z., Andreeva L.E. Transient expression and activity of human DNA polymerase iota in loach embryos // Biotechnology Letters, 2012: 34 (2), 205 – 212.
  21. Makarova A.V., Grabow C., Gening L.V., Tarantul V.Z., Tahirov T.T., Bessho T. Pavlov Y.I. Inaccurate DNA synthesis due to the presence of DNA polymerase iota activity in whole cell extracts // PLOS One, 2011: 6 (1), 1 – 10.
  22. Kazakov A.A., Makarova A.V., Grishina E.E., Tarantul V.Z., Gening L.V. Activity of DNA polymerase iota in human basal cell carcinoma // Curr. Topics Biochem. Res, 2010: 12 (2), 39 – 49.
  23. Макарова А.В., Генинг Л.В., Макарова И.В., Тарантул В.З. Активность склонной к ошибкам ДНК-полимеразы йота в разные периоды отногенеза домовой мыши Mus musculus // Онтогенез, 2008: 39(5), 367 – 373.
  24. Макарова А.В., Генинг Л.В., Тарантул В.З. Эволюция структуры и функции ДНК-полимеразы йота у эукариот // Биохимия, 2008: 73(3), 426 – 433.
  25. Генинг Л.В., Макарова А.В., Малашенко А.М., Тарантул В.З. Фальшивая нота ДНК-полимеразы йота в ансамбле защитников генома млекопитающих // Биохимия, 2006: 71(2), 155 – 159